Struktur Organisasi LPPM diatur sesuai dengan Surat Keputusan Rektor Nomor 20 Tahun 2011 tentang  LPPM Unaya, yang  dikelola oleh satu orang ketua LPPM dan satu orang sekretaris LPPM dan dibantu oleh empat bidang, yaitu bidang penelitian, bidang pengabdian kepada masyarakat, bidang publikasi dan bidang Kuliah Kerja Njata (KKN), serta satu orang operator.

Gambar. Struktur Organisasi LPPM Unaya